Ciudad del Vaticano, Tierra Santa de los católicos. En medio de la tierra, hay una organización que lleva a cabo investigaciones rigurosas sobre «reclamos de milagros» de todo el mundo para determinar su credibilidad. La organización es conocida como «Seito no Za» (Asamblea de Santos) y los sacerdotes que pertenecen a ella son llamados investigadores de milagros.
Robert Nicholas, un antiguo experto en archivos y criptoanálisis está asociado y es buen amigo de Hiraga Josef Kou, un científico genial. Juntos, el brillante dúo investiga los «milagros» y descubre los incidentes y conspiraciones que se esconden tras ellos.